Po upadku powstania warszawskiego Andrzej Wyczański przeniósł się do Krakowa, gdzie kontynuował studia na tajnym Uniwersytecie Jagiellońskim. Pracę magisterską dotyczącą stosunków społeczno-politycznych na Pomorzu Zachodnim w XII wieku przygotował i bronił latem 1946 roku pod kierunkiem prof. Romana Gródeckiego.
We wrześniu 1946 roku opuścił Kraków i powrócił do Warszawy, aby przystąpić do pracy w uruchamianym Instytucie Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego.
Pobyt na stypendium we Francji w 1948 roku umożliwił zebranie materiałów do pracy doktorskiej pt. „Francja wobec państw Jagiellońskich w latach 1515-1529. Studium z dziejów polityki zagranicznej w epoce Odrodzenia”, którą obronił w 1949 roku i wydał drukiem w 1954 roku.
W styczniu 1953 roku podjął pracę w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk. W tym samym czasie współorganizował w Bibliotece Narodowej w Warszawie Stację Mikrofilmową, którą kierował w latach 1949-1959. Związek z Biblioteką Narodową kontynuował, przewodnicząc w latach 1977-1992 jej Radzie Naukowej.
W działalności naukowej pozostawał wierny epoce Renesansu. W 1960 roku ukazała się książka, która jest dziś klasyką polskiej historiografii gospodarczej – Studia nad folwarkiem szlacheckim w Polsce w latach 1500-1580, a w cztery lata później kolejna praca –Studia nad gospodarką starostwa korczyńskiego w latach 1500-1660. Obie publikacje stały się dużym wydarzeniem naukowym i doczekały się licznych omówień i recenzji.
W 1963 roku Andrzej Wyczański otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1971 – profesora zwyczajnego. W tym czasie kierował w Instytucie Historii PAN Zakładem Dziejów Polski Przedrozbiorowej i jej Kultury oraz w jego ramach – Pracownią Dziejów Rzeczypospolitej Szlacheckiej, zaś od 1977 – Pracownią Historii Polski Nowożytnej.
W latach 1979-1986 organizował i kierował zespołem badawczym powołanym na mocy porozumienia Instytutów Historii PAN w Warszawie i Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku. O jakości powstających tam prac może najlepiej świadczyć fakt, że jedną z nich wyróżniono I nagrodą w międzynarodowym konkursie na najlepszą pracę doktorską z zakresu historii społeczno-gospodarczej w Belgii w 1990 roku.
W 1974 roku Profesor Wyczański podjął pracę w Zakładzie, a potem w Instytucie Historii białostockiej Filii Uniwersytetu Warszawskiego.
Od 1975 roku przewodniczył Komisji Historii Gospodarczej Komitetu Nauk Historycznych PAN, od 1984 Radzie Naukowej Instytutu Historii PAN. Przez dwie kadencje (1986-1991) był dyrektorem Instytutu Historii Filii UW, od 1991 roku zaś przewodniczył jego Radzie Naukowej.
W latach 1990-1992 był sekretarzem naukowym Wydziału I PAN. W kolejnej kadencji władz PAN (1993-1995) Profesora wybrano na wiceprezesa i sekretarza naukowego. Ten trzyletni okres zaowocował również zorganizowaniem Akademii w Berlinie i w Moskwie.
W ostatnich latach aktywnie uczestniczył w pracach na rzecz powołania Katedry Polskiej na Uniwersytecie Hebrajskim w Jerozolimie.
Uroczyste wręczenie dyplomu Doktora Honoris Causa odbyło się 1 czerwca 1999 roku.